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#rnaseq

3 posts3 participants1 post today
Public
Marc Robinson-Rechavi

Postdoc job opportunity! We're looking for early career researcher in evolutionary genomics to study the relation between intra-specific gene expression variability, polymorphism, and macro-evolutionary rates. We have all of the data in 3 fishes and amphioxus, just waiting for your expertise and enthusiasm!
tinyurl.com/3aewk286
#EvoDevo #MolecularEvolution #bioinformatics #PopulationGenomics #RNAseq #PostDoc

tinyurl.comOpportunités de carrière : Postdoctoral position in evolutionary genomics (22280)
Public
(((@amarois)))

Plaisir du samedi de perm à la BU: lecture de #PGD "L. Gress, S. Maman-Haddad, N. Marty-Gasset, N. Vialaneix, A. Bonnet. Plan de gestion des données CO-LOcATION V. Finale. INRAE-UMR GenPhySE 2025 hal.inrae.fr/hal-05009536v1
#passionPGD #DMPporn #researchdata #openscience #DMP #RNAseq #biology #data

hal.inrae.frPlan de gestion des données CO-LOcATION Version FinaleLe plan de gestion des données (PGD) du projet CO-LOcATION a été initié dès le lancement du projet. C'est un des livrables de la tâche 0, dédiée à la coordination du projet. La première version, dite initiale, est rendue à 6 mois après la décision attributive de l'aide. Le PGD décrit l'ensemble des données, produits de la recherche, associées au projet CO-LOcATION. Sur la base du type de données collectées, produites, stockées ou partagées au cours de ce projet, le PGD est structuré en 5 grands types de données: 1/ Sélection des échantillons pour les objectifs du projet, 2/ Données de séquençage RNAseq, 3/ Données de métabolomique (RMN H+), 4/ Données de lipidomique et 5/ Analyses statistiques des différents types de données du projet. Résumé du projet: Chez le porcelet, la mortalité néonatale affecte la durabilité de la filière et est essentiellement liée à un manque de maturité à la naissance. Cette maturité dépend des interactions fœto-maternelles qui régulent la répartition des ressources entre la mère et le fœtus, impactant le développement fœtal et la santé du nouveau-né. Pour aborder cette question, le projet CO-LOcATION propose une approche intégrative combinant différents niveaux d’information (transcriptome, métabolome, lipidome, phénotypes de maturité). Il utilisera les échantillons provenant du projet ANR PORCINET, qui a généré des génotypes purs et des croisés réciproques caractérisés par une robustesse contrastée à la naissance. La complexité des phénotypes de maturité sera abordée par l’étude du compromis entre croissance et survie en se focalisant sur les interactions placenta-endomètre avec des approches tout génome. Ce projet proposera de nouvelles hypothèses ou stratégies à évaluer en sélection génétique et/ou en nutrition pour améliorer la maturité et la survie des porcelets
Public
Bioconductor

🌍 Bioconductor Course, Kenya 2025 🎓

We’re thrilled to announce our first in-person Bioconductor course in Kenya, happening March 24–28, 2025, at the ILRI Campus in Nairobi!

This free, week-long course is for bioinformatics beginners, covering R, Bioconductor, and RNA-seq workflows, and aims to grow the Bioconductor community in Africa.

🔗 Apply now: buff.ly/40CJL02
🔗 Learn more: training.bioconductor.org/work

A giraffe standing in the Nairobi National Park with the city skyline in the background. Above the image, the Bioconductor logo is displayed, followed by bold black text that reads: 'Apply Now for the Bioconductor Kenya 2025 Course!
#Bioinformatics#Carpentries#RStats
Continued thread
Public
Marc Robinson-Rechavi

We obtained #RNAseq from tooth germs over the embryonic and postnatal period where the major events of morphogenesis occur, from bud, to cap, to bell stage until differentiation and enamel/dentin secretion, and obtained clusters of coexpressed genes per stage.

Global expression profiles and clusters of co-expressed genes with an expression peak at a specific stage of dental development. (A) PCA based on 11,342 1:1 orthologs across mouse and hamster. Samples are colored per morphological stage, shapes correspond to upper and lower molar samples. (B) Coexpression clusters defined by soft clustering of expression values of each species and tooth type. Each cluster corresponds to a set of genes with an expression peak at a specific stage of dental development. The average profiles of each cluster are represented, with expression levels centered at the value of the first stage and error bars showing standard deviations. Clusters are ordered according to their temporal profiles. Distribution of cluster sizes is given. Genes not associated with a cluster are not represented. (C) Summary of the GO enrichment analysis for the mouse lower molar coexpression clusters; enriched GO terms were categorized as shown in Fig S2, a maximum of 5 representative terms are shown with their fold enrichments.
Public *
victorjavierlo

🧬 Excited to share findings from a collaboration on #Alzheimer's! 🧬 Our team contributed RNA-seq analysis to explore how FAAH inactivation influences neuroinflammation and microglial function. This study reveals a paradox: while FAAH inactivation enhances microglial activity, it also escalates inflammation in 5xFAD AD mice. Results could point to FAAH as a therapeutic target in AD! #Neuroinflammation #Microglia #Endocannabinoids #RNAseq #ScienceCollab #bioinformatics

onlinelibrary.wiley.com/doi/10

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