mstdn.social is one of the many independent Mastodon servers you can use to participate in the fediverse.
A general-purpose Mastodon server with a 500 character limit. All languages are welcome.

Administered by:

Server stats:

9.3K
active users

#биоинформатика

1 post1 participant0 posts today
Habr<p>Галлюцинации и многообразия. Зачем искусственному интеллекту многомерные миры</p><p>Сейчас на Хабре много пишут о галлюцинировании нейронных сетей и больших языковых моделей в частности. Хорошим введением в эту тему, написанным с философских позиций, мне представляется текст уважаемого Дэна Рычковского @DZRobo « Когда ИИ закрывает глаза: путешествие между воображением и галлюцинациями ». Базовое техническое погружение в тему вы найдёте в статье уважаемой @toppal « Причины возникновения галлюцинаций LLM », это перевод академической статьи специалистов Харбинского технологического института, опубликованной в конце 2024 года. Действительно, в большинстве источников галлюцинации ИИ рассматривают либо в негативном ключе, либо как неизбежный побочный эффект, связанный с попытками «вшить» синтетический аналог воображения в вычислительную сеть. Я же хочу остановиться на менее известном аспекте работы нейронок, в котором галлюцинации могут восприниматься как положительная и даже необходимая часть работы алгоритма. Речь пойдёт об искусственном повышении размерности данных, подаваемых на вход в нейросеть, и о том, к чему такая практика может приводить. Наиболее известное проявление такого эффекта известно в англоязычных источниках под названием « проклятие размерности » (curse of dimensionality).</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/929134/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/929134/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B8%D1%81%D0%BA%D1%83%D1%81%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D1%8B%D0%B9_%D0%B8%D0%BD%D1%82%D0%B5%D0%BB%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%82" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>искусственный_интеллект</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B0%D0%BB%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D0%BD%D0%B0%D1%86%D0%B8%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>галлюцинации</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%BD%D0%BE%D0%B3%D0%BE%D0%BE%D0%B1%D1%80%D0%B0%D0%B7%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>многообразия</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%BB%D1%83%D0%B1%D0%BE%D0%BA%D0%BE%D0%B5_%D0%BE%D0%B1%D1%83%D1%87%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>глубокое_обучение</span></a></p>
Habr<p>Как машинное обучение приручает хаос биологических данных</p><p>Вы когда-нибудь задумывались, сколько тайн скрыто в миллиардах генетических последовательностей, данных о белках и эпигенетических механизмах? А теперь представьте, как алгоритмы преобразуют этот хаос в логичные и работающие модели. Не так давно алгоритмы в биоинформатике собирались вручную. Сегодня, благодаря машинному обучению, они адаптируются, обучаясь на предоставленных данных, вычленяют низкоуровневые закономерности и формируют абстрактные представления.</p><p><a href="https://habr.com/ru/companies/sberbank/articles/927244/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="ellipsis">habr.com/ru/companies/sberbank</span><span class="invisible">/articles/927244/</span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a></p>
Habr<p>Повстанцы бессмертия: Как банда безумцев превратила смерть из судьбы в выбор</p><p>Они называли их безумцами. Сегодня — у них бюджеты в миллиарды. Генная терапия, химическое перепрограммирование, эпигенетика — это уже не фантастика, а клиника. В 2025 году человечество в упор смотрит на смерть... и начинает дёргать её за бороду. Это манифест повстанцев бессмертия. История тех, кто отказался стареть.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/923842/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/923842/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/iPSC" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>iPSC</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/Oct4" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>Oct4</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/Sox2" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>Sox2</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/Klf4" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>Klf4</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/cMyc" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>cMyc</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D1%82%D0%B5%D1%85%D0%BD%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биотехнологии</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%80%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>молекулярная_биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/SENS" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>SENS</span></a></p>
Habr<p>[Перевод] Глубокое обучение в науке вредно без глубокой проверки фактов</p><p>Глубокое обучение гламурно и ажиотажно. Если обучить трансформер (современную языковую модель) на датасете из 22 миллионов ферментов, а затем использовать его для прогнозирования функции 450 неизвестных ферментов, то можно опубликовать свои результаты Nature Communications (уважаемом научном издании). Вашу статью прочитают 22 тысяч раз и она будет в верхних 5% из всех результатов исследований по оценке Altmetric (рейтингу внимания к онлайн-статьям). Однако если вы проделаете кропотливую работу по анализу чужой опубликованной работы и обнаружите, что она полна серьёзных ошибок, в том числе сотнями некорректных прогнозов, то можете опубликовать на bioRxiv препринт, который не получит и доли цитат и просмотров исходного исследования. На самом деле, именно это и произошло в случае двух статей: Functional annotation of enzyme-encoding genes using deep learning with transformer layers | Nature Communications Limitations of Current Machine-Learning Models in Predicting Enzymatic Functions for Uncharacterized Proteins | bioRxiv Эта пара статей о функциях ферментов стала прекрасным примером для изучения границ применения ИИ в биологии и неправильно расставленных акцентов в современной публикации результатов. В этом посте я расскажу о некоторых подробностях, однако призываю вас изучить статьи самостоятельно. Этот контраст станет ярким напоминанием о том, как сложно бывает оценить правдивость результатов ИИ без глубокого знания предметной области.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/917656/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/917656/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B5%D1%80%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>трансформеры</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%84%D0%B5%D1%80%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D1%82%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>ферменты</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/bert" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>bert</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%8D%D0%BD%D0%B7%D0%B8%D0%BC%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>энзимы</span></a></p>
Habr<p>[Перевод] Патоген с дуба рухнул? Спорный препринт биоинформатического исследования, который не будет официально опубликован</p><p>Мы нашли некоторые биоинформатические свидетельства того, что фермент липоксигеназа и оксилипиновая сигнализация позволяют бактериям «перепрыгивать» между растениями и человеком. Чтобы подтвердить нашу гипотезу, я провел дата-исследование. Здесь я объясняю, почему я решил оставить эту статью официально неопубликованным препринтом. В 2020 году мы с соавторами опубликовали биоинформатическое исследование [1], целью которого было подтверждение статистической и филогенетической связи между липоксигеназами и возникновением многоклеточности. Мы не только нашли такую связь, но и обнаружили еще одну подгруппу видов - носителей липоксигеназ. Они отличались необычной экологической универсальностью, широким спектром хозяев, статусом «новых патогенов» и устойчивостью к противомикробным препаратам. Было очевидно, что эти бактерии заслуживают приоритета в дальнейшем анализе. Я рассказал о них в статье в журнале "Природа" [2] и начал вести «черный список патогенов», состоящий из липоксигеназо-положительных возбудителей заболеваний человека.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/876184/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/876184/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>бактерии</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BE%D0%BA%D1%81%D0%B8%D0%BB%D0%B8%D0%BF%D0%B8%D0%BD%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>оксилипины</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%80%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>растения</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BF%D0%B0%D1%82%D0%BE%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>патогены</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D1%80%D0%B0%D1%84%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>графы</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%84%D0%B8%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>филогенетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%81%D1%82%D0%B0%D1%82%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>статистика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D1%85%D0%B8%D0%BC%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биохимия</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%B5%D0%B4%D0%B8%D1%86%D0%B8%D0%BD%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>медицина</span></a></p>
Habr<p>Транскриптомный анализ: как посчитать гены?</p><p>Вся информация о нас закодирована в ДНК. Но как она реализуется? Как при помощи анализа данных секвенирования ученые находят количественные соотношения между группами генов? Что такое транскриптомика? Давайте разберемся, как находят закономерности в экспрессии генов и построим красочные визуализации.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/874558/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/874558/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%82%D0%BE%D0%BC" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>транскриптом</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B0%D0%BD%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D0%B7_%D0%B4%D0%B0%D0%BD%D0%BD%D1%8B%D1%85" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>анализ_данных</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%80%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>молекулярная_биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BA%D0%BE%D0%B4" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>код</span></a></p>
Habr<p>Как посчитать биологические данные и не уронить сервер и ноутбук?</p><p>Привет, Хабр Наверняка вы слышали о биоинформатике . Звучит перспективно, приятно и полезно. Часто, ввиду всеобщих рассказов о перспективности и возможностях направления, некоторые люди из IT или из «мокрой» биологии (так называют область биологии, где работают в лаборатории с бактериями и прочими возможными объектами живой и не очень природы и реагентами) хотят перейти в биоинформатику. Однако далеко не все понимают, что же это за область такая и почему с ней сложно работать.</p><p><a href="https://habr.com/ru/companies/first/articles/866618/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="ellipsis">habr.com/ru/companies/first/ar</span><span class="invisible">ticles/866618/</span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>гены</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B_%D1%81%D0%BE%D1%80%D1%82%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%BA%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>алгоритмы_сортировки</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B5_%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатические_алгоритмы</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>алгоритмы</span></a></p>
Habr<p>Как победить рецидив: путеводитель по полю битвы с онкологией</p><p>Итак, дорогие читатели! Сейчас я обучаюсь на 4 курсе (бакалавр) на программиста (направление: Информатика и вычислительная техника) в семестре столкнулся с очень интересным исследовательским проектом, связанным с биоинформатикой! Вместе с заказчиком мы ему дали научное название: "Снижение рисков развития рецидива злокачественного новообразования" и отправляем в долгое плавание! На примере проекта-исследования мы хотим рассказать: где искать медицинские данные? Какого это с ними работать? Как правильно подходить к исследовательской задаче и многое другое. Вы даже сами сможете повторить наши результаты, и я уверен, что у вас получится даже лучше. Что приходит на ум, когда слышите слово "рецидив"? Правильно, возвращение того, от чего вы уже вроде как избавились. Для заболевших пациентов это слово внушает тревогу, а в онкологии и вовсе звучит как зловещий колокол. Но не бойтесь: сегодня мы не только посмеемся над этим монстром, но и узнаем, как ему дать отпор. Спойлер: с помощью науки и чуточки аналитики.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/866206/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/866206/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D0%B6%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%80%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинженерия</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B5_%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатические_алгоритмы</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%B8%D0%BD%D0%B6%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%80%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генная_инженерия</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B0%D0%BF%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генная_терапия</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BE%D0%BD%D0%BA%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>онкология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%80%D0%B0%D0%BA" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>рак</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BD%D0%B5%D0%B8%D0%B7%D0%BB%D0%B5%D1%87%D0%B8%D0%BC%D1%8B%D0%B5_%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%B7%D0%BD%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>неизлечимые_болезни</span></a></p>
Habr<p>Обзор недавно выпущенной модели Evo для анализа геномных данных</p><p>Давайте представим, что вы начинающий или опытный биоинформатик, или "простой смертный", который хочет углубиться в анализ биологических данных. Спойлер: биоинформатики тоже смертные! Зачастую, не у каждого хватает ценного времени на проверку огромных последовательностей геномных данных, будь то поиск различных мутаций или прогнозирование структуры белков на основе последовательности аминокислот. Но не переживайте, в этом вам поможет искусственный интеллект ! Да, тот самый ИИ, который чуть ли не через каждую минуту обещает изменить мир и избавить нас от всех проблем — от покупки продуктов до поиска идеальных генетических маркеров для рака. Так вот, давайте разберемся, как ИИ может помочь нам, бедным исследователям, быстро и эффективно работать с данными, которые, казалось бы, невозможно обработать, даже за целую жизнь.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/865024/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/865024/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D1%82%D0%B5%D1%85%D0%BD%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биотехнологии</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B5_%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генетические_алгоритмы</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D1%8C_%D0%B4%D0%B0%D0%BD%D0%BD%D1%8B%D1%85" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>модель_данных</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%B0%D1%88%D0%B8%D0%BD%D0%BD%D0%BE%D0%B5_%D0%BE%D0%B1%D1%83%D1%87%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>машинное_обучение</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%B0%D1%88%D0%B8%D0%BD%D0%BD%D0%BE%D0%B5_%D0%BE%D0%B1%D1%83%D1%87%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BD%D0%B5%D0%B9%D1%80%D0%BE%D1%81%D0%B5%D1%82%D0%B8_python" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>машинное_обучение_нейросети_python</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D1%82%D0%B5%D1%85" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биотех</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B0%D0%BD%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D0%B7_%D0%B4%D0%B0%D0%BD%D0%BD%D1%8B%D1%85" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>анализ_данных</span></a></p>
Habr<p>Биоинформатика и Evo: как искусственный интеллект меняет подходы к анализу геномов</p><p>В современном мире каждый из нас сталкивается с генетикой, будь то медицинские анализы, CRISPR-дизайн или изучение наследственных признаков. Но что, если мы могли бы заглянуть глубже, понять тайные механизмы генов и даже создать новые последовательности ДНК, пригодные для науки и медицины? Это больше не фантазия, а реальность благодаря Evo — искусственной нейросети, которая переосмысливает подходы к анализу и проектированию геномов.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/864766/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/864766/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D1%82%D0%B5%D1%85%D0%BD%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биотехнологии</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D1%85%D0%B0%D0%BA%D0%B8%D0%BD%D0%B3" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биохакинг</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%B0%D1%88%D0%B8%D0%BD%D0%BD%D0%BE%D0%B5_%D0%BE%D0%B1%D1%83%D1%87%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>машинное_обучение</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B0%D0%BD%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D0%B7_%D0%B4%D0%B0%D0%BD%D0%BD%D1%8B%D1%85" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>анализ_данных</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>гены</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B4%D0%BD%D0%BA" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>днк</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%80%D0%BD%D0%BA" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>рнк</span></a></p>
Habr<p>Когда «тихая» ДНК громче гена: как избыточная ДНК регулирует экспрессию, ничего не делая</p><p>Мир биоинформатики полон загадок: что такое избыточная ДНК, почему она занимает половину генома, и как это вообще работает? Кому-то может показаться, что некодирующая ДНК — это просто лишний "хлам", но на деле это, как если бы в вашем коде было полно комментариев, которые точно знают, как заставить ваш Python работать быстрее. Сегодня мы с вами разберёмся, как эта загадочная избыточная ДНК умудряется контролировать экспрессию генов, совершенно ничего не транскрибируя. А чтобы вы не скучали, покажу примерчик на Python. Ведь кто же мы без кода?</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/863780/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/863780/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/python" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>python</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>генетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%8D%D0%BF%D0%B8%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>эпигенетика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B4%D0%BD%D0%BA" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>днк</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%86%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>транскрипция</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D1%82%D0%B5%D1%85" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биотех</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BF%D1%80%D0%B8%D0%BC%D0%B5%D1%80%D1%8B_%D0%BA%D0%BE%D0%B4%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>примеры_кода</span></a></p>
Habr<p>Нобелевская премия по микроРНК, оксилипины и биохимический плагиат</p><p>Будучи постоянным автором издания "Элементы" , недавно получил заказ на статью о Нобелевской премии за открытие микроРНК, вручённой этой осенью. Писал статью с особенным чувством — ведь в истории микроРНК есть параллели с моим биоинформатическим проектом по совсем другой тематике — но тоже связанным с происхождением многоклеточности. Дело в том, что значимость открытия микроРНК определяется не их медицинским применением (его так пока толком и не придумали). МикроРНК — это история про то, что делало и делает наш мир многоклеточным . Потому что у одноклеточных эукариот этих микроРНК — кот наплакал. Экспансия микроРНК в геноме, резкий рост их числа обычно совпадали с появлением многоклеточности — а таких случаев, как мои подписчики наверняка уже знают, было более 20 во всём живом мире. МикроРНК довольно мало меняются в ходе эволюции. И, хоть они короткие, методы биоинформатики вполне позволяют отследить их эволюцию. МикроРНК возникали не только на заре развития зелёных растений и животных. Ими обзаводились бурые водоросли. Их обретали разные группы слизевиков — с их-то простой агрегативной многоклеточностью, обречённой на эволюционный тупик в плане сложности! И каждый раз к идее микроРНК они приходили независимо. Конвергентно. Все многоклеточные эукариоты. Сам по себе этот факт удивляет и, видимо, он ещё ждёт своего детального объяснения. Да и вдумайтесь только — фактически, Нобелевка за микроРНК — это Нобелевка за механизмы многоклеточности. Но есть и другой удивительный факт. Похожий паттерн наблюдается в случае со многими сигнальными веществами, с помощью которых клетки общаются между собой. Например, у простагландинов и лейкотриенов — веществ, запускающих боль и воспаление в нашем организме — также есть аналоги почти у всех многоклеточных эукариот... и даже многоклеточных прокариот типа цианобактерий и миксобактерий. Если до микроРНК — по крайней мере, в их классическом воплощении — додумались только эукариоты, то до оксилипинов (так называется эта группа химических веществ) первыми, по-видимому, додумались ещё цианобактерии, когда опробовали первую в истории Земли многоклеточность. Это было примерно во время Кислородной катастрофы. Ну то есть парочку миллиардов лет назад.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/853636/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/853636/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%B8%D0%BA%D1%80%D0%BE%D1%80%D0%BD%D0%BA" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>микрорнк</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BE%D0%BA%D1%81%D0%B8%D0%BB%D0%B8%D0%BF%D0%B8%D0%BD%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>оксилипины</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BC%D0%BD%D0%BE%D0%B3%D0%BE%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D1%82%D0%BE%D1%87%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>многоклеточность</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%8D%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>эволюция</span></a></p>
Habr<p>Интегрируем pandas с электронными таблицами: три способа</p><p>Pandas идеально подходит для работы с табличными данными – он способен открывать файлы Excel и проводить внутри преобразования. Более того, сохранить датафрейм тоже можно в файл Excel. Это делает удобной интеграцию pandas с офисным пакетом: результаты можно сразу красиво оформить для выступления на конференции или передачи коллегам, которые занимаются только “мокрой” биологией и не работают с инструментами data science. Давайте посмотрим, как это делается. Если мы импортировали pandas под именем pd:</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/836696/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/836696/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/python" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>python</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/pandas" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>pandas</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/pandas_dataframe" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>pandas_dataframe</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/excel" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>excel</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/google_spreadsheets" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>google_spreadsheets</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/csv" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>csv</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a></p>
Habr<p>[Перевод] Минималистическая модель живой клетки в браузере</p><p>Вы когда-нибудь задумывались, как действуют клетки — элементарные единицы живой материи? Я – программист, но одновременно увлекаюсь клеточной биологией. Поэтому я решил смоделировать работу простейшей клетки на TypeScript. Вообще, клетки невероятно сложны; по оценкам учёных, человеческая клетка в среднем содержит 100 триллионов атомов. По-прежнему очень мало известно о том, как все эти биомолекулы взаимодействуют в клетке, поэтому в точности смоделировать работу клетки невозможно. Размышляя на эту тему, я нашёл статью Fundamental behaviors emerge from simulations of a living minimal cell (Фундаментальные виды поведения возникают на основе моделирования простейшей живой клетки). Опираясь на кинетические параметры, авторы статьи создали модель взаимодействия молекул и химических реакций между ними в простейшей известной клетке. Затем эта симуляция запускается, и на её основе можно наблюдать такие процессы как репликация ДНК, метаболизм и синтез белков.</p><p><a href="https://habr.com/ru/articles/793274/" rel="nofollow noopener" translate="no" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="">habr.com/ru/articles/793274/</span><span class="invisible"></span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%81%D0%B8%D0%BC%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%86%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>симуляция</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%86%D0%B8%D1%82%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>цитология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биология</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B5%D0%BB%D0%BA%D0%B8" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>белки</span></a></p>
Habr<p>От робототехника до промпт-инженера: кем стать, чтобы быть востребованным в 2024 году</p><p>Сфера IT остаётся самой быстроразвивающейся и востребованной благодаря глобальному тренду на цифровизацию. Число вакансий в этом сегменте за год выросло на 10%, зарплатное предложение — на 7,9% и показывает наибольший темп роста. Спрос на IT-кадры вырос на 63% по сравнению с прошедшим годом. Высокий уровень цифровизации экономики поддерживает высокий уровень спроса на IT-инженеров и рождает новые профессии, возникающие на стыке специальностей. Для этого материала мы пообщались с экспертами отрасли и разобрались, какие профессии будут востребованы в ближайшем будущем и почему.</p><p><a href="https://habr.com/ru/companies/netologyru/articles/781664/" rel="nofollow noopener" target="_blank"><span class="invisible">https://</span><span class="ellipsis">habr.com/ru/companies/netology</span><span class="invisible">ru/articles/781664/</span></a></p><p><a href="https://zhub.link/tags/%D0%B4%D0%B0%D1%82%D0%B0%D1%81%D0%B0%D0%B9%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%B8%D1%81%D1%82" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>датасайентист</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%B1%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BF%D0%B0%D1%81%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>информационная_безопасность</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BF%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%B5%D1%81%D1%82%D0%B5%D1%80" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>пентестер</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/smart%D0%BA%D0%BE%D0%BD%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BA%D1%82%D1%8B" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>smartконтракты</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/web3" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>web3</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D1%80%D0%BE%D0%B1%D0%BE%D1%82%D0%BE%D1%82%D0%B5%D1%85%D0%BD%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>робототехника</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%BF%D0%BB%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>бпла</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%BC%D0%BF%D1%82" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>промпт</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>биоинформатика</span></a> <a href="https://zhub.link/tags/%D0%BA%D0%B5%D0%BC_%D1%81%D1%82%D0%B0%D1%82%D1%8C" class="mention hashtag" rel="nofollow noopener" target="_blank">#<span>кем_стать</span></a></p>